在水基清洗的工艺中如果配合使用超声波清洗，利用超声波在清洗液中传播过程中产生大量调微小空气泡的“空穴效应”则可以有效的把不溶性污垢从工件上剥除。超声波清洗时使用的频率一般在40KHz左右。

水基清洗工艺流程包括清洗、漂洗、干燥三个工序。首先用浓度为2％-10％的水基清洗剂配合加热、刷洗、喷淋喷射、超声波清洗等物理清洗手段对印刷电路板进行批量清洗然后再用纯水或离子水（DI水）进行2-3次漂洗，最后进行热风干燥。水基清洗需要使用纯水进行漂洗是造成水基清洗成本很高的原因。虽然高质量的水质是清洗质量的可靠保证，但在一些情况下先使用成本较低的电导率在5um·cm的去离子水进行漂洗，最后再使用电导率在18um·cm的高纯度去离子进行一次漂洗也可以取得很好的清洗效果。